Shinichi Kudo (17 anni) è un comune studente del secondo anno alla scuola superiore Teitan con la passione per i romanzi gialli: aspira infatti a diventare lo "Sherlock Holmes del terzo millenio". Figlio di un romanziere (Yusaku Kudo) e di una famosa attrice (Yukiko Fujimine), vive da solo da circa tre anni, in una grande villa, dopo che i genitori si sono trasferiti in America.
La vita non è tutta rosa e fiori, infatti Shinichi si può definire il tipico ragazzo che inaspettatamente incappa nei cosidetti "casi della vita", anche se il suo è davvero un caso particolare! Durante un pomeriggio passato al Luna Park "Tropical Land" insieme alla sua amica d'infanzia, Ran Mouri, si trova vittima di due loschi figuri che stanno trattando "roba che scotta". Malauguratamente Shinichi viene sorpreso da uno dei due uomini vestiti di nero e da quel momento...

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...inizia la sua vita come Conan Edogawa (circa 7 anni), presunto parente alla lontana del Dottor Agasa e della famiglia Kudo. Ma perché Shinichi è regredito all'età di 7 anni? Durante lo sfortunato incontro con Gin e Vodka, membri di un'Organizzazione segreta, gli viene somministrato un farmaco non ancora testato sugli esseri umani: l'APTX4869. Questa presunta sostanza doveva in teoria uccidere il ragazzo, ma ha avuto quasi l'effetto contrario, dato il risultato.
Ora Shinichi, tornato bambino, non solo deve tentare di trovare e mettere con le spalle al muro i membri dell'Organizzazione, ma deve anche cercare di non far scoprire a Ran la sua vera identità! Infatti, su consiglio del Dottor Agasa, Conan si trasferisce a casa dell'amica, dato che suo padre, Kogoro Mouri, gestisce un'agenzia investigativa in cui possono arrivare informazioni sugli uomini in nero.

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