Shinichi Kudo è definito "il salvatore della polizia giapponese" grazie alla sua geniale ed efficace deduttiva che lo porta a risolvere i casi più complicati. Figlio di un noto scrittore di romanzi gialli (Yusaku Kudo) e di un'attrice famosa (Yukiko Fujimine), Shinichi si propone subito l'ambizione di diventare lo "Sherlock Holmes del terzo millennio", e questo sogno non si prospetta troppo lontano... se non che...
Durante un appuntamento al Tropical Land con Ran Mouri, sua amica d'infanzia, viene coinvolto in un caso di omicidio che, naturalmente, saprà risolvere in quattro e quatr'otto. Sulla via del ritorno però nota due tipi sospetti (reputati poco prima possibili assassini) vestiti completamente di nero che si aggirano furtivamente nei dintorni del parco. Curioso per natura, li segue e scopre che stanno ricevendo un'intera valigetta di soldi in cambio di un rullino che metterebbe in galera il capo di un ditta che contrabbanda armi. Troppo eccitato per la scoperta, non si accorge però che uno dei due complici (Gin) gli si avvicina da dietro, per poi colpirlo alla testa e tramortirlo. Shinichi, avendo visto tutto, non può certo rimanere in vita, così i due gli somministrano un "nuovo farmaco mai testato sugli esseri umani appena prodotto dalla loro organizzazione"; convinti che questo farà in modo che il ragazzo muoia avvelenato, se ne vanno, e per il povero malcapitato inizia un incubo di 'febbre' alta che lo porta a perdere i sensi.
Il ragazzo si crede morto, ma comincia a sentire voci intorno a sé e riprende pian piano i sensi, non credendo alla realtà che ora gli si mostra davanti agli occhi: è tornato bambino. Sconvolto cerca di spiegare l'accaduto ai poliziotti che l'hanno soccorso, ma questi non credono a una singola parola. Decide di scappare e tornare a casa sua, ancora indeciso però sul da farsi. Davanti al cancello della sua villa incontra il Professore Agasa, suo vicino ed amico. Inizialmente, anche lui non crede all'assurda storia che il bambino gli racconta, ma dopo un po' finalmente Shinichi riesce a convincerlo ed entrano in casa.
Naturalmente, come dice il Professore Agasa, è rischioso che Shinichi riveli la sua vera identità, perché quelli dell'organizzazione potrebbero cercarlo e ucciderlo, inoltre rischierebbe di mettere in pericolo chi lo circonda. Qualche attimo dopo a casa Kudo sopraggiunge anche Ran, preoccupata come non mai per la scomparsa dell'amico. La ragazza si accorge della presenza del bambino che, in fretta e furia, cerca di camuffarsi indossando gli occhiali del padre.

Ran: « Come ti chiami? »
Shin: « Mi chiamo Shin..ni...no... »
Ran: « Allora? »
Shin: « Ehm.. ecco...ecco.. Conan! Mi chiamo Conan Edogawa! »

E da qui iniziano le impossibili, simpatiche e tal volta drammatiche vicende del nostro detective in miniatura che si stabilisce a casa di Ran, dato che suo padre gestisce un'agenzia investigativa che potrebbe portare Conan sulla pista giusta per tornare adulto e mettere dietro le sbarre chi l'ha ridotto in quello stato...